El museo ex-convento de la Natividad fue construido entre los años 1555 y 1580 por los indígenas tepoztecos bajo las órdenes de los frailes dominicos y está dedicado a la Virgen de la Natividad. La parroquia cuenta con un amplio atrio en el que se pueden observar los restos de cuatro capillas posas, una cruz atrial cuyas puntas terminan en forma de flor de lis (emblema característico de la Orden de los Frailes Dominicos) y las bardas que lo circundan están rematadas con almenas., así como los sepulcros que hablan de cuando era utilizado como camposanto.
Está constituido por el Museo Histórico y Centro de Documentación de Tepoztlán y desde el año 1965, el Museo de Arte Prehispánico Carlos Pellicer. 

La principal festividad religiosa del Ex Convento de la Natividad se lleva a cabo el 8 de septiembre, juntamente con las celebraciones del Reto al Tepozteco.